Die elektronische Signatur, die mit der Bürgerkarte ausgelöst werden kann, dient der sicheren Identifizierung und Authentifizierung in der elektronischen Verfahrensabwicklung und ermöglicht es Anträge elektronisch zu unterschreiben. Damit kann der/die BürgerIn in Online-Transaktionen sicherstellen, dass ein eingereichter Antrag tatsächlich von ihm/ihr stammt und auf dem Übertragungsweg nicht verändert wurde. Die Bürgerkartensignatur ist demgemäß auch per Gesetz der eigenhändigen Unterschrift gleichgesetzt.
Seitens der Behörde wird die sogenannte "Amtssignatur" eingesetzt, die dem Empfänger/der Empfängerin vermittelt, dass es sich um ein Dokument der jeweiligen Organisation handelt. Ab 1. Jänner 2011 müssen alle Ausfertigungen in Form von elektronischen Dokumenten, die unter das Allgemeine Verwaltungsverfahrensgesetz (AVG) fallen, mit einer Amtssignatur versehen sein. Dasselbe gilt für Ausdrucke, sofern sie nicht eine Unterschrift des Genehmigenden oder eine Beglaubigung der Kanzlei enthalten.
Im Rahmen der Leitinitiative "E-Government-Referenzstädte" sind sowohl Maßnahmen geplant, um die Städte und Gemeinden auf Wunsch bei der Einrichtung von Bürgerkartenregistrierungsstellen zu beraten und MitarbeiterInnen entsprechend als RegistratorInnen auszubilden, als auch eine Marketingoffensive, um die Nutzung der Bürgerkarte und damit mögliche Anwendungsfälle wie beispielsweise die elektronische Zustellung durch Bürger und Bürgerinnen mit geeigneten Marketingmaßnahmen zu forcieren. Weiters werden die Kommunen proaktiv beim gesetzteskonformen Einsatz der Amtssignatur unterstützt.